微生物是生物界的一個重要類群，是一種重要的生物資源。環(huán)境微生物資源極為豐富，種類多樣，在生物界分化的生物就是微生物，他們在自然界的物質(zhì)循環(huán)和轉(zhuǎn)化中起著極為重要的作用不僅維持著生物圈的生態(tài)平衡而且維持著地球系統(tǒng)的物質(zhì)平衡。其中一個典型作用就是環(huán)境微生物的生物降解作用，生物降解作用即發(fā)生在水圈、巖石圈、也發(fā)生在大氣中甚至在生物體內(nèi)也常見。

隨著工業(yè)的發(fā)展和人口的急劇膨脹，排放進入環(huán)境的各種污染物質(zhì)不斷增加而且污染物的性質(zhì)變化多樣，為了削減所排放的污染物，采用微生物治理的方法越來越多，除了在環(huán)境治理工程中廣泛采用微生物方法以外，一些非工程的措施也會通過微生物的作用獲得有效效果。

因此對于環(huán)境微生物的研究日益興旺，各種有關(guān)環(huán)境微生物的研究使得人類有機會更深入的認識環(huán)境微生物，發(fā)現(xiàn)更有益的種類和生物功能。

自然環(huán)境中存在的微生物在接納各種各樣的環(huán)境污染物之前是以穩(wěn)定的自然群落，污染物質(zhì)的大量進入，必然引起這個自然群落的大變動。

首先是一些不適應(yīng)污染物的微生物種類從環(huán)境中消失，原有自然環(huán)境中的微生物種群將被新的適應(yīng)污染環(huán)境的微生物種群所取代，種群間的數(shù)量結(jié)構(gòu)也發(fā)生變化；

其次進入環(huán)境中的污染物質(zhì)可以誘導(dǎo)微生物物種發(fā)生變異，使微生物物種的特有質(zhì)粒轉(zhuǎn)移或產(chǎn)生新的致粒，從而誘導(dǎo)出對污染物質(zhì)具有更強的耐受能力和分解能力的微生物新物種或者更加豐富多樣的變異菌株，使微生物群落更具有高的多樣性。